Mercator bereikte de voor een 16de-eeuwer zeer respectabele leeftijd van 82 jaar. Het hadden er nochtans heel wat minder kunnen zijn. In 1544 werd hij samen met een groep Leuvense burgers op verdenking van Lutheranisme door de Inquisitie gearresteerd. Na enkele maanden werd hij vrijgelaten, vermoedelijk na tussenkomst van zijn beschermheer Granvelle. Zijn medeverdachten wachtte een wreder lot: ze werden een kopje kleiner gemaakt of belandden op de brandstapel. Of Mercator door deze gebeurtenis Vlaanderen heeft ingeruild voor het Rijnland is niet bekend. Het lijkt onwaarschijnlijk, omdat hij na zijn vrijlating nog acht jaar in Leuven heeft gewerkt.

Mercator had het in het kleine, maar tolerante Duisburg in ieder geval naar zijn zin. Hij gaf er gratis les aan het gymnasium en werd hiervoor door het stadsbestuur beloond met 'drie vette varkens'. Volgens zijn buurman en biograaf heeft Mercator in de 42 jaar dat hij in Duisburg woonde 'met geen enkele burger ruzie gehad en niemand voor de rechter gedaagd'. Na de dood van zijn vrouw, met wie hij een halve eeuw gelukkig getrouwd was geweest, huwde hij op 75-jarige leeftijd de weduwe van de burgemeester.